Правки в тему которые не затрутся при обновлении

Смотря о каких правках речь. Если нужно править шаблоны, то для корректного обновления в любом случае придется сбрасывать изменения в них. Тут можно лишь сэкономить силы, используя "Сайт" - "Блоки". Это актуально, если вам нужно что-то добавить. Создаете блок и в нём верстаете свое содержимое. А в шаблоне просто вставляете его. Да, всё равно придется после каждого сброса вставлять заново, но это хотя бы всего 1 строка, а не вся кастомная разметка.

Если же нужно подправить CSS, то для этого есть user.css. При обновлении система всё равно будет предлагать вам сбросить изменения и в нём, но делать этого не стоит. Увы, но средствами темы мы не можем исключить какой-то файл из предложения сброса.

Но в целом это невозможно. Если вы что-то изменили в шаблоне, то по-хорошему нужно будет сбросить его при обновлении. Физика, математика и логика не позволяют сделать иначе. Представьте себе книгу, написанную наполовину, и которую дописывают 2 автора. Они не подозревают друг о друге. У них в итоге получился разный сюжет. Возможно ли объединить без потерь работ каждого из авторов? Иногда да, но в большинстве случаев в итоге получится бред. Шерлок, который умер в версии первого автора, побеждает бетмена в версии второго.

Спасибо за оперативный ответ. Кстати, не хотите завести телеграм-чат с поддержкой чтобы?

Точно нет.

Нет ли вариантов с дочерней темой или с функциями "переписывающими" вывод определенных блоков или файлов по ходу вызова (хуки не за это отвечают?).

Ничего не понял.

как быстрее всего сравнивать два текстовых документа чтобы переписывать только нужный текст в файле? По типу как гит работает.

Есть такая возможность в программе notepad++, но точно не скажу как это сделать. Такое лучше у гугла спросить.