Создание меню из при приложения "управление меню"

Можно, но... В любом случае нужно вписать айдишник меню в тему. То есть это можно сделать и сейчас, если в шаблоне index.html после строки:

{include file="system.html" scope="parent" inline}

Добавить:

{$_theme_config.header_links = $wa->menu->get(79)}

Если конечно речь шла о меню текстовых страниц вверху. В главном меню не вижу смысла в использовании этого приложения. Теряется же возможность устанавливать иконки/лейблы. Но если что, там тоже можно строкой:

{$_theme_config.mainmenu_links= $wa->menu->get(79)}

Заменив 79 идентификатором вашего меню, разумеется.

А как воспользоваться этим плагин для создания иконок https://www.webasyst.ru/store/plugin/menu/fields/ ?